Với 37 bàn thắng ghi cho đội tuyển quốc gia, Yekini là cầu thủ ghi bàn xuất sắc nhất trong lịch sử của đội tuyển Nigeria. Yekini từng cùng đội tuyển quốc gia tham dự hai kì World Cup 1994 (ông ghi bàn thắng đầu tiên của Nigeria tại các kì World Cup) và 1998.

Ở cấp độ châu lục, Yekini từng tham dự các Cúp bóng đá châu Phi 1990, 1992 (giành danh hiệu vua phá lưới) và 1994, giải đấu mà ông vừa đoạt danh hiệu vua phá lưới vừa có danh hiệu vô địch cùng Nigeria. Ngoài ra, Yekini còn tham dự thế vận hội Seoul 1988.